Alfa-amyláza je vylučována glomerulární filtrací, v tubulech se 50 % profiltrovaného enzymu zpětně vstřebává a je degradováno v tubulárních buňkách. V moči nacházíme (díky zahuštění moči) vyšší koncentraci AMS než v séru. Pankreatický izoenzym se lépe vylučuje, v moči se ho vyskytuje více než izoenzymu slinného.